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 微生物肥料中的有益微生物進行生命活動時，需要能量和養(yǎng)分。當(dāng)進入土壤后，能源物質(zhì)和營養(yǎng)供應(yīng)充足時，其所含的有益微生物便大量繁殖和旺盛代謝，從而發(fā)揮其效果。反之則無效果或效果不明顯。當(dāng)土壤生態(tài)環(huán)境(水分、溫度、氧氣、pH、氧化還原電位因素等)適宜于肥料中的有益微生物生活時，其效果尤為顯著，因此，合理的農(nóng)業(yè)技術(shù)設(shè)施可以改善土壤環(huán)境，提高微生物肥料的有效性

　　微生物肥料的作用是綜合性的。首先它能增加肥力，這是作為微生物肥料的主要功效。微生物的生命活動與土壤肥力之間的關(guān)系是肯定的，但由于一些研究不到位，有的機理還不能完全闡明；其次是能協(xié)助農(nóng)作物吸收營養(yǎng)，如根瘤菌能在根瘤中固定氮素并被植物吸收，既能全部利用又無污染問題。AM真菌是一種土壤真菌，它與多種植物根系共生，其菌絲可以吸收更多的營養(yǎng)供給植物吸收利用，尤其磷的吸收最明顯；微生物肥料還可以增加植物的抗病蟲害和抗旱能力。利用微生物肥料的另一個作用是減少化肥的使用量，同時提高作物品質(zhì)。

　　生產(chǎn)微生物肥料所用菌必須是安全的。菌種首先必須對人、動物、植物無急性、惡急性病害，其次要有一定的功效。優(yōu)良菌株很重要，因為同一種菌，經(jīng)過篩選或誘變，可以篩選到作用更強的菌株。菌種應(yīng)用要科學(xué)、合理。有的肥料產(chǎn)品將大豆根瘤菌用于禾本科作物如玉米等，這是十分可笑的。芽孢類菌組合也應(yīng)做試驗，有些種類不適宜組合，有些菌的安全性也應(yīng)檢定。微生物肥料不要長時間暴露在陽光下，以免紫外線殺死肥料中的微生物，有些產(chǎn)品不宜與化肥混用，更不能與殺菌劑混用。

　　微生物肥料發(fā)展很快，但不可能解決生產(chǎn)中的全部問題，是應(yīng)該大力發(fā)展的肥料品種。